八月二十日北京政府任命曹锟为直、鲁、豫巡阅使，九月二日任命吴佩孚为副巡阅使。曹命吴驻军小站，本意是要这支亲兵拱卫京畿。但是，吴却认为京畿对他们并不重要，在他看来，更重要的是坐镇中原。不久，他就亲率这支无往而不胜第三师驻节洛阳。
民国九年十月十二日，主张和平，反对内战，又谦冲为怀，平易近人的直系大将，口碑不错的江苏督军李纯突然暴死。
公开说法是“江苏督军李纯忧国自杀”。
据大总统令曰“英威上将军、苏皖赣巡阅使兼江苏督军、勋一位陆军上将李纯，奠定东南，勋勤夙着，比年邦家多难，该巡阅使坐镇江表，才略昭宣，群流翕洽，而于和平统一之大计，尤能多方赞导，悉力筹维。干国匡时，声施益懋。前以感疾日剧，屡电请假调理，只以时事艰难，东南大局，赖其主持，谕令在署医治，力疾视事，方冀调摄就痊，长资倚畀。乃本日据齐耀琳、齐燮元电呈‘该巡阅使两月以来，卧病奄缠，每以时局纠纷，统一未成，平时述及，声泪俱下，近更疚忧愧恨，神经时复错乱。
“本月十一日，忽于卧室，用手枪自击，伤及右胁乳下，不及疗治，登时出缺。手写遗书，缕述爱国爱民素愿莫酬，不得已以身谢国，惓惓于苏省之治安，国家之统一，筹虑周密，语不及私。’披览之余，曷胜震悼！该故巡阅使年力未衰，猷为正远，乃以焦忧大局，报国捐躯，枉失长城，实为国家痛惜。着派齐耀琳即日前往致祭，给予治丧营葬费一万元，所有该故使身后事宜，着齐燮元、齐耀琳督饬所属，妥为办理。灵柩回籍时，沿途地方官，一体照料。生平政绩，宣付国史立传，并候特制碑文，刊立墓道，以彰殊绩。仍交陆军部照上将例从优抚恤，用示笃念勋劳之至意。此令。”
李纯第一封遗书致齐省长耀琳、齐帮办燮元“纯为病魔所迫，苦不堪言，两月以来，不能理事，贻误良多，负疚曷极。求愈无期，请假不准，卧视误大局，误苏省，恨己恨天，徒唤奈何。一生英名，为此病魔失尽，时有疑李督患梅毒，不能治愈，痛苦万状，而出于自杀者，即从遗书中屡言病魔，推想出来，其实于情理不合。尤为恨事。以天良论，情非得已，终实愧对人民，不得已以身谢国家，谢苏人，虽后世指为误国亡身罪人，问天良，求心安。至一生为军人，道德如何，其是非以待后人公评。事出甘心，故留此书，以免误会，而作纪念耳。李纯遗书。九年十月十日。”
李纯留有遗电致全国各界“和平统一，寸效未见。杀纯一身，爱国爱民，素愿皆空。求同胞勿事权利，救我将亡国家，纯在九泉，亦含笑感激也。李纯留别。十月十一日。”
李纯还有遗言谈及其身后的希望“纯今死矣，求死而死，死何足怨？但有四桩大事，应得预先声叙明白（一）代江浙两省人民，叩求卢督军子嘉大哥，维持苏浙两省治安，泉下感恩。（二）代苏省人民，叩求齐省长，望以地方公安为重，候新任王省长到时，再行卸职。（三）苏皖赣三省巡阅使一职，并未受命，叩请中央另简贤能，以免遗误。（四）江苏督军职务，以齐帮办燮元代理，恳候中央特简实授，以维全省军务，而保地方治安。叩请齐省长、齐帮办及全体军政两界周知。李纯叩。十月十一日。”
在皖系横行之时，被百般欺辱，不可能不整日忧心重重，却未因“忧”而自杀。为何却在皖系惨败，直系鼎盛，正当扬眉吐气之时而寻短见呢？
关于李纯之死，颇多疑点。后传说是李妾与马弁私通，被李发现后，马弁将李纯击毙；也有传说其部下师长齐燮元心狠手辣，诡谲多变，时有谋取李位而自代之心，因而将其谋杀。
但是，流传更多更广的，是另一种说法。 。
民国九年十月十二日，主张和平，反对内战，又谦冲为怀，平易近人的直系大将，口碑不错的江苏督军李纯突然暴死。
公开说法是“江苏督军李纯忧国自杀”。
据大总统令曰“英威上将军、苏皖赣巡阅使兼江苏督军、勋一位陆军上将李纯，奠定东南，勋勤夙着，比年邦家多难，该巡阅使坐镇江表，才略昭宣，群流翕洽，而于和平统一之大计，尤能多方赞导，悉力筹维。干国匡时，声施益懋。前以感疾日剧，屡电请假调理，只以时事艰难，东南大局，赖其主持，谕令在署医治，力疾视事，方冀调摄就痊，长资倚畀。乃本日据齐耀琳、齐燮元电呈‘该巡阅使两月以来，卧病奄缠，每以时局纠纷，统一未成，平时述及，声泪俱下，近更疚忧愧恨，神经时复错乱。
“本月十一日，忽于卧室，用手枪自击，伤及右胁乳下，不及疗治，登时出缺。手写遗书，缕述爱国爱民素愿莫酬，不得已以身谢国，惓惓于苏省之治安，国家之统一，筹虑周密，语不及私。’披览之余，曷胜震悼！该故巡阅使年力未衰，猷为正远，乃以焦忧大局，报国捐躯，枉失长城，实为国家痛惜。着派齐耀琳即日前往致祭，给予治丧营葬费一万元，所有该故使身后事宜，着齐燮元、齐耀琳督饬所属，妥为办理。灵柩回籍时，沿途地方官，一体照料。生平政绩，宣付国史立传，并候特制碑文，刊立墓道，以彰殊绩。仍交陆军部照上将例从优抚恤，用示笃念勋劳之至意。此令。”
李纯第一封遗书致齐省长耀琳、齐帮办燮元“纯为病魔所迫，苦不堪言，两月以来，不能理事，贻误良多，负疚曷极。求愈无期，请假不准，卧视误大局，误苏省，恨己恨天，徒唤奈何。一生英名，为此病魔失尽，时有疑李督患梅毒，不能治愈，痛苦万状，而出于自杀者，即从遗书中屡言病魔，推想出来，其实于情理不合。尤为恨事。以天良论，情非得已，终实愧对人民，不得已以身谢国家，谢苏人，虽后世指为误国亡身罪人，问天良，求心安。至一生为军人，道德如何，其是非以待后人公评。事出甘心，故留此书，以免误会，而作纪念耳。李纯遗书。九年十月十日。”
李纯留有遗电致全国各界“和平统一，寸效未见。杀纯一身，爱国爱民，素愿皆空。求同胞勿事权利，救我将亡国家，纯在九泉，亦含笑感激也。李纯留别。十月十一日。”
李纯还有遗言谈及其身后的希望“纯今死矣，求死而死，死何足怨？但有四桩大事，应得预先声叙明白（一）代江浙两省人民，叩求卢督军子嘉大哥，维持苏浙两省治安，泉下感恩。（二）代苏省人民，叩求齐省长，望以地方公安为重，候新任王省长到时，再行卸职。（三）苏皖赣三省巡阅使一职，并未受命，叩请中央另简贤能，以免遗误。（四）江苏督军职务，以齐帮办燮元代理，恳候中央特简实授，以维全省军务，而保地方治安。叩请齐省长、齐帮办及全体军政两界周知。李纯叩。十月十一日。”
在皖系横行之时，被百般欺辱，不可能不整日忧心重重，却未因“忧”而自杀。为何却在皖系惨败，直系鼎盛，正当扬眉吐气之时而寻短见呢？
关于李纯之死，颇多疑点。后传说是李妾与马弁私通，被李发现后，马弁将李纯击毙；也有传说其部下师长齐燮元心狠手辣，诡谲多变，时有谋取李位而自代之心，因而将其谋杀。
但是，流传更多更广的，是另一种说法。 。